Væggene i kapillærer er foret med bittesmå porer, som giver mulighed for passage af vand, elektrolytter og små molekyler som ilt og kuldioxid. Større molekyler, såsom proteiner, er ude af stand til at passere gennem porerne og skal transporteres gennem endotelcellerne ved en proces kaldet transcytose.
Kapillærer er også involveret i reguleringen af blodtryk og væskebalance. Når blodtrykket er for højt, kan kapillærerne udvide sig for at give mere blodgennemstrømning. Når blodtrykket er for lavt, kan kapillærerne trække sig sammen for at reducere blodgennemstrømningen.
Udvekslingen af stoffer mellem blodet og det omgivende væv sker i de interstitielle rum, som er mellemrummene mellem cellerne. De interstitielle rum er fyldt med en væske kaldet interstitiel væske, som indeholder næringsstoffer, ilt og affaldsstoffer.
Udvekslingen af stoffer mellem blodet og interstitialvæsken sker ved diffusion, som er bevægelse af molekyler fra et område med høj koncentration til et område med lav koncentration. Ilt diffunderer fra blodet ind i den interstitielle væske, og kuldioxid diffunderer fra den interstitielle væske ind i blodet.
Kapillærer er afgørende for, at kroppen fungerer korrekt. De giver mulighed for udveksling af ilt og kuldioxid, regulering af blodtryk og væskebalance og transport af næringsstoffer og affaldsprodukter.